1.可以提高肥效：如過磷酸鈣、微量元素等肥料，施入土壤后被土壤固定而失效。和有機肥混合用，由于減少了與土壤的接觸面，減少了養分的固定，有機肥又可提高磷礦石的溶解度，在水田條件下更好。許多化肥與有機肥混合后，化肥可以被有機肥料吸收保蓄，減少流失。此外，化肥摻有機肥料還可以促進有機肥腐熟，提高肥效。試驗表明，化肥與有機肥搭配使用，既可以降低土壤氧化還原電位，減少氨的硝化，也可以減少氮素的揮發損失。一般可使氮肥利用率提高10%～15%。
　　2.可以減少化肥可能產生的某些不利的副作用：在單獨施用較大量化肥或化肥施用不均時，土壤溶液濃度高，影響作物吸水，甚至傷根，如與有機肥料混合就不會發生這一問題。另外，如長期單獨施用生理酸性肥料，會使土壤變酸，而產生過多的活性鐵、活性鋁等有害物質，對作物造成毒害。而同有機肥料混合施用，可以增加土壤的緩沖性能，防止土壤酸化。再如，有的過磷酸鈣含游離酸過多，做種肥時會影響種子發芽和幼苗生長，加入有機肥料后，中和游離酸，可減少對種子的為害。
　　3.可以增加作物營養：有機肥所含養分較全，肥效穩而長，含有機質多，能提高土壤有機質含量，改善土壤理化性質。不但可以供給作物，而且可以供給土壤微生物以氮、磷、鉀等養分，以及維生素和生長激素等。有機肥施入后，土壤酶活性增強，有利于養分轉化。如有機肥與過磷酸鈣或過磷酸鎂肥等混合，可以促進土壤中自生固氮菌的生長，增加作物氮素營養。據試驗，化肥與有機肥搭配使用3年的地塊比單施化肥的地塊有機質含量高0.08%～0.11%，氨化細菌增加260%，好氣性固氮菌增加119%，纖維分解菌增加600%。
　　4.在秸稈還田和施用未腐熟有機肥時，加入化學氮肥，可以避免作物因早期缺氮而影響生長而供應的速度要緩慢，而且禾谷類作物成熟階段需要同時提供硝態氮和銨態氮，有機肥料能夠做到這一點。