菌肥是從“益菌”中篩選出的功能相近，或相輔的微生物菌群。主要作用有以下幾個方面： 

　　（1）固氮作用：“益菌”可通過光合作用，把空氣中的無機氮轉化成有機態氮（如氨基酸），直接供果樹吸收利用。 

　　（2）分解作用：“益菌“生命活動中產生許多有益物質，能改變果樹根際范圍內的營養環境，活化磷、鉀和其他礦質元素，有利果樹吸收利用。 

　　（3）激素作用：“益菌”能分泌激素，影響果樹內源激素的含量，進而對生長發育和生理代謝產生深刻影響。 

　　（4）抗性作用：益菌的增多，能限制有害微生物的生長與繁殖。益菌分泌的許多酶，能增加果樹體內酶的活性，提高抗病、抗逆能力。