根據(jù)作用不同，生物肥料可分為五大類：

1.  有固氮作用的菌肥。包括根瘤菌肥料、固氮菌肥料以及固氮藍藻等。
2.  分解土壤有機物的菌肥。包括有機磷細(xì)菌肥料和復(fù)合細(xì)菌肥料。
3.  分解土壤中難溶性礦物的菌肥，包括硅酸鹽細(xì)菌肥料、無機磷細(xì)菌肥料等。
4.  促進作物對土壤養(yǎng)分利用的菌肥，包括菌根菌肥料等。
5.  抗病及刺激作物生長的菌肥。包括抗生菌肥、增產(chǎn)菌肥等。