環境保護部和國土資源部聯合發布了2005-2013年全國土壤污染狀況調查公報。結果顯示，在實際調查面積630萬平方公里中，全國土壤環境狀況總體不容樂觀，部分地區土壤污染較重，全國土壤總超標率16.1%，土壤污染已成為我國許多地方的“公害”。
　　在土壤污染嚴重的形勢下，相關土肥專家建議，通過農藝手段如增加土壤有機質、施用土壤調理劑、采用生物吸收法等能夠鈍化、減輕甚至修復大多數的超標土壤。特別是向土壤中施入微生物肥料將是土壤生態修復的重要發展方向。
　　微生物肥料是土壤污染的“克星”
　　土壤污染主要可以分為無機污染物和有機污染物，無機污染物主要包括酸、堿、重金屬、鹽類等;有機污染物主要包括有機農藥、酚類、氰化物、石油、合成洗滌劑等。微生物肥料修復土壤的基本原理是在適當的條件 (水分、溫度、pH值等)下，肥料中的微生物菌群與土壤中原有的有益微生物共同形成優勢菌群，促進土壤生態系統中碳、氮、氧等元素的良性循環，從而修復土壤生態環境系統，使生態系統達到新的穩定的平衡。
　　其中，微生物肥料對無機污染物的修復機理是微生物肥料進入土壤生態系統后，好氧菌、厭氧菌等微生物益生菌群，通過自身的生物反應，降低土壤的酸度，提高土壤的pH值，從而降低土壤中有害重金屬的毒害;同時肥料中的微生物菌可以將重金屬固定，促使土壤中活性重金屬變為有機結合態，形成過濾層和隔離層，降低作物對土壤中重金屬的吸收，從而避免土壤中重金屬等有害物質或其分解產物通過 “土壤-植物-人體”，或通過 “土壤-水-人體”間接被人體吸收，損害身體健康。
　　微生物肥料在對土壤中農藥等有機污染物修復方面的作用是降低病蟲害的防治次數，降低農藥的使用量，從而減少農藥在作物中的殘留量。其一，微生物肥料能改變土壤耕作層微生物區系，在作物根系周圍形成優勢菌落，從而強烈抑制病原菌繁殖，降低病蟲害發生次數;另一方面，微生物在其生命活動過程中產生多種物質，如激素類、腐植酸類以及抗生素類，這些物質能刺激作物生長健壯，增強作物自身抗病害能力。
　　微生物肥料在土壤修復領域“異軍突起”
　　首先，國家支持微生物肥料發展，同時鼓勵進行微生物肥料在“土壤調理”方面的技術研發。生物產業是我國七大戰略性新興產業之一，生物肥料部分則是生物產業的重要部分。2012年12月國務院發布 《生物產業發展規劃》，微生物肥料被納入到“農用生物制品發展行動計劃”，明確提出要加快突破 “保水抗旱、荒漠化修復、磷鉀活化、抗病促生、生物固氮、秸稈快速腐熟、殘留除草劑降解及土壤調理”等生物肥料的規模化和標準化生產技術瓶頸，提升產業水平。
　　其次，我國的微生物資源具有菌種資源豐富、微生物肥料產品種類繁多、應用范圍廣泛的特點。豐富的微生物資源為發展微生物肥料產業提供了保證，同時我國微生物種類多樣的特點又與土壤中的污染物種類較多的現實相對應，可以修復土壤中的多種污染物。
　　最后，微生物肥料生產成本適中，利于農民接受，可以在農村進行大范圍推廣使用，在與無機肥料共同使用的基礎上，減少無機肥料的使用量，同時起到修復土壤的作用。